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曹志伟博士介绍(PI)

 

upload/1209864387696.jpg课题组长: 曹志伟博士,毕业于新加坡国立大学计算科学系,计算生物学/生物信息专业。

【主要研究方向】

    主要着眼于生物分子相互作用模拟,采用生物信息学、计算生物学以及分子模拟等方法对抗体抗原相互作用机制、中药活性成分-靶点相互作用及网络等方面进行研究。已承担多项973、863和自然科学基金资助的国家项目以及上海市项目多项。到目前共建成生物大分子模拟软件3个,中药机理特色数据库4个,获得软件著作权2项。部分文章发表于Pharmacological Reviews, PNAS, Molecular Cell Proteomics, Nucleic acids research, Drug Discovery Today, Briefings in Bioinformatics, Bioinformatics 等。

 

    中药小分子与靶点相互作用方面,率先把计算机辅助药物设计方法引入中药机理研究,从中药的多成分、体内代谢、多靶点结合等特征出发,十余年来坚持不懈地系统收集相关数据,建立专门的算法。在国际上第一次建立了公开的中药活性成分靶点数据库(HIT)和中药活性成分体内代谢数据库(HIM)。基于这些数据,利用计算生物学模拟技术,建立了基于组学数据的中药小分子靶点高效预测算法,在许多实验中得到了验证。研制的一整套的“多成分、多靶点”的中药机理网络模拟系统,已为国内外多家中药研究机构提供了高水平合作科研和服务。 在抗体-抗原相互作用方面,主要利用分子模拟方法研究抗体抗原的相互作用规律。在揭示抗体抗原特异性相互作用的结构基础上,开发出全新的蛋白质抗原空间表位的计算技术SEPPA,提供网上免费服务,刷新了空间表位预测记录。曾经发展应用了一种新型的氢键势能函数先后模拟了核酸和反义药物的相互作用,蛋白质的集合运动,以及蛋白突变与药物抗性行为,为进一步揭示蛋白相互作用的结构和功能关系奠定了基础。