2002年8月,上海市科学技术委员会依托中国科学院上海生命科学研究院、国家人类基因组南方研究中心、复旦大学、上海交通大学、上海第二医科大学、上海医药工业研究院和中国科学院上海有机化学研究所等单位,整合上海生物信息学主要研究力量,投入1140万元资金,正式组建了上海生物信息技术研究中心(以下简称“中心”)。“中心”是国内第一个以推动我国生物信息学数据共享为目的,完全从事生命科学数据库建设、生物信息学软件开发的地方政府支持的、自收自支的独立事业法人单位。“中心”旨在开展和促进生物信息技术领域的原始性创新研究,建立具有广泛应用前景和国际先进水平的生物信息分析、数据挖掘和知识发现的技术体系,促进上海乃至全国生命科学、生物技术和生物医药产业的发展。
  “中心”的主要任务包括生物信息资源的收集和管理服务、生物信息学研究、技术开发和人才培养等四个主要方面。中心要迅速建立起包括国际、国内主要生物信息资源数据库在内的整合的数据库体系并建立技术标准,建立起可操作的生物信息资源共享机制和国际、国内合作渠道;建立和不断完善基因组功能注释、生物芯片数据分析、蛋白质组数据分析、人类疾病、农作物抗逆和品质相关基因的高通量生物信息学筛选技术体系,形成相应的生物信息数据挖掘和技术开发能力,建立起生物信息学研究和应用人才的培训基地,为上海及周边地区的生物、农业、医药、环境等生命科学与生物技术及相关领域的研究和应用提供高效、快速的生物信息资源和技术服务,为推动社会经济可持续发展做出贡献。
  “中心”实行理事会领导下的主任负责制。“中心”聘请国内外著名科学家和两院院士组成专家顾问委员会和学术委员会,对中心发展战略和重大决策进行咨询、评议。
  “中心”积极开展学术交流与科技合作,先后与中国科学院上海生命科学研究院、复旦大学、上海交通大学、上海第二医科大学、欧洲分子生物学实验室(EMBL)、英国帝国理工学院、美国加州大学等国内外著名科研院所建立了广泛的交流与合作,争取成为国际、国内有影响力和知名度的生物信息中心。