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中心成立六年来，中心科研人员发表论文总数达130余篇，其中SCI收录100篇以上，总的影响因子超过400。获得了14项国内软件著作权及4项专利申请。构建了血吸虫数据库、医学微生物数据库、HotData数据库及脑蛋白质数据库等，发展了蛋白－蛋白相互作用和网络构建及动态研究的新方法。十多篇论文分别发表在《Nature》、《Science》、《Nature Biotechnology》、《PNAS》、《molecular Systems Biology》、《Plos Computational Biology》、《Journal of Biocemistry》、《MCP》、《Genome Biology》等国际重要学术刊物上。2007年也取得了较好的成绩。截止到年底，中心共以第一作者和通讯作者发表了SCI研究论文24篇以上。包括PNAS、MCP、NAR、Bioinformatics、Plos One、JPR、Genome Biology等国际著名科学杂志。另外还有10篇以上的科学论文在投稿中和撰写准备中。在技术研发方面，生物医学信息学系统、实验室信息管理系统、生命科学数据中心、组学信息分析系统开发的研发工作也取得了较大进展，有些已经完成框架开发，有些已经是半成品，有些已经可以用于开展市场化推广。
最后，中心还要在2007成立生物医学信息学研发部门的基础上，进一步开展和深化同中山医院、肿瘤医院、上海CDC,上海公共卫生中心，上海第九人民医院，复旦大学，新生源公司的科研合作，以863项目为链条，研发服务为导向，在临床医学信息管理系统、样本库建设、新药研发企业信息管理系统建设等方面，取得显著的研发进展，大幅度提高服务和技术开发能力，在新药研发企业信息管理系统开发方面获得重大突破，形成市场化的产品，为中心这一块服务内容的今后的市场化运作奠定基础。中心开发设计的实验室信息管理系统也要开展大规模的推广应用，拓展市场。此外，中心过去多年来积累的研发成果，也要通过工作流的方式逐步整合到中心承担的国家863重大项目“OmicsExplore”系统中去。同时也要进一步加大推广力度，从培训、市场推广和销售方面进行项目推动。
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